Natura 2000 je celoevropská soustava chráněných území, jejímž cílem je chránit přírodní bohatství Evropy. Každý stát Evropské unie má povinnost vyhlásit lokality, v kterých budou chráněny nejen rostliny a živočichové, ale i jejich přirozená stanoviště. Natura 2000 je vyhlašována podle dvou směrnic (zákonných předpisů): o ochraně volně žijících ptáků a směrnice o ochraně volně žijících živočichů, planě rostoucích rostlin a přírodních stanovištích. Podle směrnice o ptácích musí být pro vybrané druhy ptáků vyhlašovány tzv. „ptačí oblasti“ (PO). Podle směrnice o stanovištích musí být vyhlašovány zvláštní chráněná území, tzv. evropsky významné lokality (EVL) pro vybrané typy přírodních stanovišť a druhy ostatních živočichů a rostlin. Ptačí oblasti a evropsky významné lokality tvoří dohromady soustavu Natura 2000.
Příklady z ostatních evropských zemí nám ukázaly, že vlády i nejrůznější zájmové skupiny se vždy snaží návrhy lokalit Natury 2000 co nejvíce omezit. Proto Arnika spolu s dalšími spolky založila Koalici NNO pro Naturu 2000, která využila jedinečných možností v rámci evropského práva k prosazení tzv. „stínového seznamu“, tedy lokalit, které v oficiálních návrzích z nejrůznějších důvodů chyběly. Zkušenosti organizací z jiných zemí, kvalitní odborné zázemí členů koalice a vstřícný postoj tehdejších resortních institucí přispěly k tomu, že se podařilo seznam EVL nakonec rozšířit o zhruba třetinu celkového počtu lokalit. Nejtěžší bylo doplnit, proti odporu zejména Ministerstva dopravy, lokality, které kolidovaly se splavňovacími záměry na Labi. To se definitivně podařilo až v lednu 2020 (https://arnika.org/vlada-dnes-rozsirila-chranena-uzemi-kolem-labe-zamezi-tak-niceni-vzacne-prirody).
Vyhlášením lokalit však práce nekončí. Je nutné je i nadále chránit a pečovat o ně. I když je to primárně úkolem státní ochrany přírody. Arnika k tomu ovšem přispívá jak oponováním nebezpečných projektů, které soustavu Natura 2000 ohrožují (jez u Děčína, DOL), tak péčí o některé lokality a druhy (páchník v Poodří, bílé stráně v Českém středohoří).