Téměř deset let Mydlovarům hrozilo, že se ke stávajícím problémům připojí ještě plánovaná výstavba spalovny komunálních odpadů pro Jihočeský kraj. Zařízení o kapacitě 100 000 tun spálených odpadů za rok zde chtěla vystavět Jihočeská energetika. Plán padnul až v roce 2006 po masivním odporu místních občanů a posléze také místních a regionálních politiků.