Proces EIA má tyto fáze:
Oznámení - Ten, kdo hodlá záměr provést (zpravidla investor) předkládá oznámení záměru příslušnému úřadu – krajskému úřadu či Ministerstvu životního prostředí (dle rozsahu záměru). Úřad je povinen informaci o tom zveřejnit na své úřední desce, kde se postupně vyvěšují i další dokumenty související s procesem EIA. Oznámení se také objeví v informačním systému EIA.
Zjišťovací řízení - Úřad posuzuje, zda záměr bude dále podléhat procesu EIA či nikoliv. V kladném případě následují další fáze. V této fázi procesu EIA je možné se do něj zapojit a doručit příslušnému úřadu své vyjádření k záměru.
Dokumentace - Investor si nechá autorizovanou osobou zpracovat dokumentaci, ve které jsou hodnoceny vlivy záměru na jednotlivé složky životního prostředí v daném místě.
Posudek - Úřad nechá nezávislou autorizovanou osobu zpracovat posudek dodané dokumentace a všech podaných připomínek k dokumentaci. Posudek stejně jako informace o veřejném projednání musí být zveřejněna na úřední desce a to nejméně 5 dní před jeho konáním.
Veřejné projednání - Veřejná schůzce, na které má široká veřejnost šanci se k záměru vyjádřit a uplatnit případně své výtky.
Závazné stanovisko - Závazné stanovisko vydává příslušný úřad a je podkladem pro navazující řízení (zpravidla stavební či územní).
Procesu EIA se mnohem podrobněji věnuje organizace Frank Bold. Na jejich stránkách najdete i vzorové vyjádření.