Mimořádně významné stromy, jejich skupiny a stromořadí lze rozhodnutím orgánu ochrany přírody vyhlásit za památné. Památné stromy je zakázáno poškozovat, ničit a rušit v přirozeném vývoji.Jejich ošetřování se smí provádět jen se souhlasem orgánu, který ochranu stromů vyhlásil.
Každý památný strom má ochranné pásmo ve tvaru kruhu o poloměru desetinásobku průměru kmene měřeného ve výši 130 cm nad zemí. Příslušný úřad může při vyhlašování památného stromu stanovit ochranné pásmo i větší. V tomto pásmu není dovolena žádná pro památný strom škodlivá činnost – například výstavba, terénní úpravy, odvodňování, chemizace a podobně.
V rozhodnutí o vyhlášení památných stromů bývají vyjmenované činnosti a zásahy, které lze provádět jen s předchozím souhlasem orgánu ochrany přírody.
Památné stromy vyhlašuje pověřený obecní úřad. K tomuto orgánu je možno směřovat podněty k vyhlášení stromů, jejich skupin a stromořadí za památné. V podnětu by měly být co nejpodrobněji rozvedeny důvody pro vyhlášení. Výhodou je přiložit dendrologický posudek prokazující stav a významnost stromu, fotografie a další podklady.
Zrušit ochranu památného stromu může úřad jen z výjimečných důvodů, které stanoví zákon.
Prohlásit strom za památný lze též na základě písemné smlouvy uzavřené mezi vlastníkem dotčeného pozemku a orgánem příslušným k jeho vyhlášení.
Veřejně přístupnou databázi všech stromů prohlášených za památné provozuje na internetu Agentura ochrany přírody a krajiny.