Látky nebezpečné pro vodní organismy byly vybrány podle tzv. R-vět (R50 až R53), které označují specifické rizika látek. Současně byly vybrány pouze látky, pro které se nahlašují emise do vody. Mezi tyto látky patří 1,2,3,4,5,6-hexachlorcyklohexan (HCH), arzen a sloučeniny, atrazin, bromované difenylétery (PBDE), DDT, diuron, endosulfan, endrin, heptachlor, hexachlorbenzen,chloralkany (C10-13), chlordan, chlordecon,chlorfenvinfos,chlorpyrifos, chrom a sloučeniny, isodrin, isoproturon, kadmium a sloučeniny, kyanidy, lindan (γ-HCH), měď a sloučeniny, mirex, naftalen, nikl a sloučeniny, nonylfenol a nonylfenolethoxyláty, olovo a sloučeniny, pentachlorbenzen (PeCB), polycyklické aromatické uhlovodíky (PAU), polychlorované bifenyly (PCB), rtuť a sloučeniny, simazin, sloučeniny organocínu, toxafen, tributylcín a sloučeniny, trifenylcín a sloučeniny, trifluralin a zinek a sloučeniny.
Zjistili jsme, že v povodí Labe nahlašují provozovny do IRZ pouze emise kovů a kyanidy. V tabulce č.1 je přehled, o které kovy a jaké množství provozy vypustily v roce 2009.
Tabulka 1 – množství jednotlivých látek nebezpečných pro vodní organismy (celkem 18357 kg)
| Látka | Arsen | Kadmium | Chrom | Měď | Rtuť | Nikl | Olovo | Zinek | Kyanidy |
| Množství v kg | 3425 | 81 | 1008 | 2602 | 56 | 933 | 99 | 9388 | 766 |
Z tabulky je patrné, že množství vypouštěných látek souvisí s emisními limity či s rizikovostí, s kterou se u jednotlivých látek počítá. Emise látek s největším dopadem jako je rtuť, kadmium, olovo jsou nejnižší. Emise zinku, který se až za tak rizikový nepovažuje, jsou nejvyšší. Jak však ukazují výsledky monitoringu kvality vody z roku 2006 na stránkách Českého hydrologického ústavu, může být na některých tocích znečištění zinkem velmi vysoké. Podle limitů Mezinárodní komise pro ochranu Labe, pak jsou limity pro zinek překračovány prakticky na celém území povodí (obr.1 a 2 na konci článku).
Pořadí toků v povodí Labe podle množství vypuštěných látek nebezpečných pro vodní organismy, jak je nahlásily podniky, ležící na jednotlivých tocích, do IRZ za rok 2009 (nevyjmenované malé toky byly zahrnuty pod Labe) udává tabulka č.2. Za nejvíce znečištěný tok se dlouhodobě považuje Bílina. Nižší znečištění Labe je dána především jeho průtokem.
Tabulka 2 - emise látek v kilogramech podle jednotlivých toků
| Pořadí | Jméno toku | Množství | Pořadí | Jméno toku | Množství |
| 1 | Labe | 11 714 | 6 | Úpa | 128 |
| 2 | Ohře | 4 038 | 7 | Jizera | 20 |
| 3 | Bílina | 1 758 | 8 | Sázava | 20 |
| 4 | Vltava | 444 | 9 | Chrudimka | 15 |
| 5 | Ploučnice | 200 | 10 | Berounka | 11 |
Prokázat souvislost mezi emisemi z podniku a zatížením toku je problematické. Kvalitu vody ovlivňuje více faktorů, například horninové složení či staré ekologické zátěže. Těžké kovy také ve vodním toku poměrně brzy sedimentují a pak putují dále řekou. Jak uvedl při jednání MKOL zástupce města Hamburk Dipl.Ing. Axel Netzband, Správa přístavu Hamburk, toxické látky, které opustily české chemičky před dvaceti lety, dnes znamenají velké problémy v tomto městě. Sedimenty ze dna přístavu jsou dnes nebezpečným odpadem. Jeho bezpečná likvidace stojí správu přístavu 70 milionů eur ročně. Proto také město Hamburk v 90. letech přispělo na stavbu usazovací nádrže ve Spolchemii.
Tabulka 3 - Topten podniků, podle emisí do vody v kilogramech.
| Poř. | Organizace/Firma | Provozovna | Lokalita | Množství |
| 1 | Lovochemie, a.s. | Lovochemie, a.s. | Lovosice | 5125 |
| 2 | Sokolovská uhelná,právní nástupce, a.s. | zprac. část | Chodov u Karlových Var | 3125 |
| 3 | Veolia Voda Česká Republika, a.s. | BČOV Pardubice | Rybitví | 1552 |
| 4 | Kovohutě Holding DT, a.s. | Kovohutě Čelakovice | Čelákovice | 1190 |
| 5 | Severočeské doly, a.s. | Doly Bílina | Bílina | 1087 |
| 6 | Synthesia, a.s. | Synthesia, a.s. | Pardubice | 877 |
| 7 | Spolana, a.s. | Spolana, a.s. | Neratovice | 876 |
| 8 | ČEZ, a.s. | Elektrárna Chvaletice | Chvaletice | 699 |
| 9 | DIAMO | SUL Příbram, čistírna důlích vod | Horní Slavkov | 656 |
| 10 | Mondi Štětí, a.s. | celulózka | Štětí | 637 |
Celkem se do vod v povodí Labe dostalo v roce 2009 více než 18 tun emisí nebezpečných látek. Jednalo se o zinek, arsen, měď, chrom, nikl, kyanidy, olovo, kadmium a rtuť (pořadí od nejčastěji se vyskytující látky k nejméně časté). „Labe ale nezatěžují jen průmyslové podniky. Problematické jsou i některé látky, které vypouštějí domácnosti, například zbytky léků, hormonální antikoncepce či látky používané v kosmetických a čistících prostředcích.
