Množství stromů padlo v Uherském Hradišti kvůli projektu protipovodňových opatření realizovaném Povodím Moravy. Stavba hrází započala v roce 2011 a má pokračovat až do roku 2013. Projekt si vyžádal také likvidaci jedné řady lipové aleje v úseku mezi Starým Městem a Jarošovem, která získala zvláštní ocenění v anketě o Alej roku 2011.
V dubnu 2010 posoudilo pracoviště České inspekce životního prostředí ve Zlíně (Radomír Studentský) stav všech stromů v lokalitě plánovaných protipovodňových opatření.
V říjnu 2011 představilo město Uherské Hradiště a Povodí Moravy první etapu projektu na protipovodňová opatřní. Celkem se jedná o postavení 4,5 kilometrů ochranných hrází, na některých místech i zdí. S plánovaným částečným odstraněním zeleně na březích do roku 2013. Náklady jsou vypočítány na 200 milionů korun. Má padnout jedna řada aleje směrem k Jarošovu (vedoucí ke slepému ramenu Kobylica). Všechna povolení byla vydána v roce 2011.
Koncem listopadu 2011 spustilo místní občanské sdružení Chraňme zeleň elektronickou petici Za záchranu aleje na břehu řeky Moravy.
Povolení s vadami
Na leden 2012 byl naplánován počátek kácení jedné řady asi devadesátileté lipové aleje směrem do Jarošova (vedoucí ke slepému ramenu Kobylica) čítající zhruba stovku stromů. Sdružení Chraňme zeleň podává podnět na přezkum oprávněnosti povolení ke kácení k České inspekci životního prostředí. Kácení je odloženo, Povodí Moravy vyčkává na výsledek šetření.
V polovině února 2012 uspořádalo sdružení Chraňme zeleň ve spolupráci s místní pobočkou Arniky happening za záchranu aleje. Pod peticí tou dobou byla již tisícovka podpisů občanů.
Happening upozorňoval také na to, že Inspekce životního prostředí podala podnět na přezkum povolení ke kácení ke Krajskému úřadu Zlínského kraje, neboť v něm shledala závažné právní vady.
Přečtete si článek malíře Petra Morese: Projekt Alej aneb idotské koktání
Dříve než zemřou: galerie obrazů Petra Morese
Protiprávní kácení
Dne 20. února 2012 začali pracovníci Povodí Moravy lipovou alej kácet. Pokračovali celé čtyři dny. Česká inspekce životního prostředí alibisticky odmítla toto nezákoné jednání zastavit a přehodila zodpovědnost na krajský úřad. Jenže ten chtěl od počátku alej pokácet. Úředníci proto neudělali vůbec nic, a všechny stromy tak do konce týdne padly.
Protože v sázce byl osud dalších zhruba tří set stromů, sepsala Arnika žádost o okamžité zastavení nezákonného kácení na Krajský úřad Zlínského kraje. Kraj bohužel ani po nátlaku místních občanů kácení nezastavil, a krásné lipy na břehu řeky Moravy padly k zemi.