Orgány ochrany přírody čeká další vyjednávání s vlastníky pozemků v tzv. evropsky významných lokalitách. Jejich přesná ochrana není, narozdíl od ptačích oblastí, v České republice úplně dokončena. Ministerstvu životního prostředí a jednotlivým krajským úřadům zbývá 23 dnů na to, aby vlastníky upozornily na možnost uzavření smluv chránících lokality. To jen v případě, že se nejedná o pozemky, které se už dnes nacházejí v režimu zvláště chráněných území.
Orgány ochrany přírody čeká další vyjednávání s vlastníky pozemků v tzv. evropsky významných lokalitách. Jejich přesná ochrana není, narozdíl od ptačích oblastí, v České republice úplně dokončena. Ministerstvu životního prostředí a jednotlivým krajským úřadům zbývá 23 dnů na to, aby vlastníky upozornily na možnost uzavření smluv chránících lokality. To jen v případě, že se nejedná o pozemky, které se už dnes nacházejí v režimu zvláště chráněných území.
Příslušné orgány musí, podle § 45c zákona o ochraně přírody a krajiny, o smluvní ochraně informovat prostřednictvím orgánů obce, zpravidla formou veřejné vyhlášky. Mají na to lhůtu 30 dní od oznámení, že Evropská komise zařadila lokality z českého národní seznamu do evropského seznamu. Smlouvy s vlastníky musí obsahovat vymezení ochranných podmínek chráněného území nebo památného stromu a způsob péče o ně. Pokud vlastníci smlouvy odmítnou, bude na jejich pozemku zvláště chráněné území vyhlášeno. Před stanovením ochranných podmínek ovšem úřady ve správním řízení vypořádají připomínky vlastníků a nájemců pozemků tak, aby byla zaručena jejich práva.
Ve Sbírce zákonů z 5. března 2008 bylo zařazení evropsky významných lokalit do evropského seznamu oznámeno tzv. sdělením Ministerstva životního prostředí č. 81/2008 Sb. Zde vyjmenované lokality budou chráněny smluvně nebo jako zvláště chráněná území (národní přírodní rezervace atd.). Naopak přestala platit předběžná ochrana některých lokalit vyjmenovaných v dalším sdělení č. 82/2008 Sb., protože je Komise neuznala.
Definitivním termínem pro vyhlášení statusu chráněných území na evropsky významných lokalitách je 13. listopad 2013. Arnika usiluje o ochranu evropsky významné lokality Milovice - Mladá, kterou zatím uchránila před stavbou zkušební dráhy Škodovky, a lokality Labské údolí, která může být zničena jezy.
